Фамилия Куничкина — женская форма фамилии Куничкин, которая образована от мужского личного имени или прозвища Куничка. В основе лежит слово «куница» — небольшой пушной зверёк с ценным мехом, хорошо известный в русских и украинских землях. Исходное слово «кунича» (уменьшительное от «куница») дало форму Куничка, а та, по стандартной словообразовательной модели, — фамилию на -ин: Куничкин.

Здесь возможны два варианта происхождения. Первый: Куничка — это мирское имя. До крещения и даже после него детям нередко давали имена от названий животных, птиц, растений. Считалось, что такое имя «природное»: оно связывало ребёнка с окружающим миром, и через него к человеку могли перейти качества зверя — ловкость, осторожность, хозяйственность. Второй вариант: Куничка — прозвище взрослого человека. Так могли назвать охотника, промышлявшего куницу, или торговца пушниной. Пушной промысел был важной частью хозяйства на Руси, и прозвище по занятию — одна из самых частых основ русских фамилий.

Фамилия Куничкин (и Куничкина) довольно редкая. Её географическое распространение связано прежде всего с северными и центральными областями России, где куница водилась в изобилии и охота на неё была распространена. Встречается она и на Украине, что подтверждает украинский корень «кунича». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Куничкин, то есть сын, потомок Кунички. Модель образования типична для русских фамилий, но сама основа нечастотна, что делает фамилию узнаваемой и непохожей на массовые варианты вроде Кузнецов или Иванов.

Таким образом, носительница фамилии Куничкина может с большой вероятностью считать, что её предок носил имя или прозвище Куничка, данное либо по сходству с пушным зверьком, либо по роду занятий, связанных с добычей или торговлей куницей.