Фамилия Кунинец — редкий случай, когда географическое происхождение почти очевидно, а вот корень слова ставит в тупик. Если отбросить привычные суффиксы -ов/-ев и -ин, то перед нами типичная западноукраинская или белорусская модель с суффиксом -ец. Такие фамилии часто указывали на выходца из определённого места: «кунин» + «ец» — «житель Кунина» или «тот, кто из Кунина».

Сам топоним Кунин встречается в нескольких местах: есть село Кунин в Ровненской области Украины, деревня Кунино в Беларуси, а также несколько Куниных в России. Человек, переехавший из такого села в другое место, получал прозвище «Кунинец» — по названию малой родины. Это же модель, что и «Виленец» (из Вильно), «Киянец» (из Киева), «Полтавец».

Сложнее с основой «кун-». В древнерусском языке слово «куна» означало куницу, а также денежную единицу (куны были шкурками, заменявшими деньги). Поэтому нельзя исключать, что прозвище Кун или Куня могли дать ловкому торговцу, охотнику на пушного зверя или человеку, который брал дань куницами. В таком случае Кунинец — потомок человека по прозвищу Куня, то есть «сын Куни». Однако суффикс -ец в такой модели для восточнославянских фамилий нехарактерен: от прозвища Куня скорее сделали бы Кунин, Кунин, Куняев. Версия с прозвищем-основой слабее, чем топонимическая.

В польском языке «kun» — это куница, а «kuna» — железные оковы или позорный столб. Возможен и польский след: фамилия могла возникнуть на землях Речи Посполитой, где суффикс -ец был очень продуктивен. Но в любом случае исходное слово — либо зверёк, либо географическое название, производное от того же зверька.

Фамилия Кунинец не относится к числу дворянских или распространённых. Её носители — в основном выходцы из западных регионов Украины, Беларуси и юго-запада России. Сословно — крестьяне или мещане, получившие фамилию по месту выхода.