Фамилия Кунжуев — один из тех случаев, когда корень слова бросается в глаза, но его значение в фамилии неочевидно. Основа «кунж-» или «кунжу-» заставляет вспомнить о кунжуте, но связь с растением здесь, скорее всего, вторична. Первичное значение надо искать в тюркских языках, где слово «кунжы» (или близкие формы) могло означать «гончар» или «горшечник». В татарском, башкирском и казахском языках есть лексемы, производные от «куман» (глина, кувшин), которые в разговорной речи дали прозвище мастеру по глиняной посуде. Таким образом, Кунжуев — это потомок гончара, чьё ремесленное прозвище закрепилось в фамилии.

Модель образования типична для русских фамилий тюркского происхождения: суффикс -ев присоединяется к основе прозвища Кунжуй (или Кунжы). В русской среде конечный гласный «ы» часто переходил в «уй» — так «Кунжы» превращалось в «Кунжуй», а затем в фамилию Кунжуев. Такая адаптация характерна для XVI–XVIII веков, когда татары, башкиры и представители других народов Поволжья и Приуралья входили в состав русского служилого или крестьянского сословия и получали фамилии по отцу.

Географически фамилия Кунжуев тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану. Это зона расселения тептярей и башкир-вотчинников, где гончарное дело было развитым промыслом. Встречается фамилия и на Урале, в Челябинской области — там тоже были сильны тюркские ремесленные традиции. В дореволюционных метрических книгах Кунжуевы фиксируются как крестьяне и мещане, реже — как купцы, что подтверждает ремесленные корни.

Существует и менее вероятная версия, связывающая фамилию с именем Кунжут — так в некоторых тюркских языках называли человека с кудрявыми или мелкими вьющимися волосами (по аналогии с семенами кунжута). Но эта гипотеза слабее, так как прозвища по внешности реже давали устойчивые фамилии в крестьянской среде, чем прозвища по профессии. К тому же слово «кунжут» в значении «кудрявый» — скорее диалектное и локальное, тогда как «гончар» — понятный и распространённый промысловый термин.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кунжуков, Кунжаков — показывает, что все они образованы от одной тюркской основы, но с разными суффиксами: -ов, -ев, -ак. Кунжуев стоит в этом ряду как самый «русифицированный» вариант, где конечный тюркский звук полностью адаптирован под русскую морфологию.