Фамилия Купаксин — достаточно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Купакса, к которому добавился стандартный русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Купаксы»).

Ключ к разгадке — слово «купать». Скорее всего, Купаксой в северных или центральных говорах (например, в новгородских или псковских землях) называли человека, чья работа или привычка была связана с водой. Это мог быть перевозчик через реку, лодочник, рыбак или просто тот, кто любил часто и подолгу купаться. Модель образования прозвищ от глаголов через суффикс -кса встречается, хотя и не столь часто, как более привычные -ун или -ак. Сравните с фамилиями Тяпкин (от «тяпать»), Рыжкин (от «рыжий»), где основа тоже усечена.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с диалектным словом «купака» — так в некоторых местах называли омут или глубокое место в реке. В этом случае прозвище давалось по месту жительства: человек, живший у такого омута.

Фамилия явно недворянская и не семинарская (искусственная). Она формировалась в крестьянской или посадской среде, и её носители, скорее всего, были людьми, чья жизнь была неразрывно связана с рекой или озером. Географически фамилия может тяготеть к бассейну Волги и северо-западу России, где водные пути играли ключевую роль в хозяйстве.

В написании фамилии обращает на себя внимание отсутствие смягчения: Купакс-ин, а не Купакь-ин или Купач-ин. Это указывает на то, что прозвищная основа звучала твёрдо, через «к», что тоже типично для северных говоров, где цоканье и смешение твёрдых/мягких согласных давало такие формы.