Фамилия Купчалойть — редкая, и её разбор требует осторожности: перед нами не типичная восточнославянская модель на -ов или -ин, а фамилия, скорее всего, балтийского происхождения, адаптированная в русской среде. Основа — «Купчал-», а финальное «-ойть» — это характерный литовский суффикс -aitis (в русской передаче часто -айтис, -ойть или -айть), который указывает на сына, потомка. То есть Купчалойть буквально означает «сын Купчала» или «потомок Купчала».

Само прозвище Купчал, от которого пошла фамилия, скорее всего, происходит от литовского слова kupčius — «купец» или kupčia — «торговля». В литовском языке есть и фамилия Kupčius, и её производные. В славянской среде это слово могло быть переосмыслено: «Купчал» — человек, имеющий отношение к купле-продаже, возможно, мелкий торговец или перекупщик. Суффикс -ал в литовских прозвищах нередко придавал оттенок деятеля, так что Купчал — это «тот, кто торгует».

Исторически фамилии с таким окончанием характерны для запада современной России — территорий бывшего Великого княжества Литовского, которые вошли в состав Российской империи: Смоленщина, Псковщина, Брянщина, а также Беларусь и Литва. Если носители фамилии встречаются в этих краях, версия о балтийском корне становится почти бесспорной. В русских документах XIX века такие фамилии могли записывать с искажениями: Купчалойт, Купчалайтис, Купчалов. Вариант с «-ойть» — один из самых редких, он сохранил близость к литовскому произношению.

С фамилией Купчалойть не связано ни одного известного исторического рода или дворянской династии — это фамилия простых людей, вероятно, крестьян или мещан, которые занимались торговлей. В советское время, при паспортизации, написание могли унифицировать, но редкая форма уцелела благодаря тому, что носители жили компактно и не смешивались с массой. Сегодня найти носителей фамилии можно в единичных случаях, в основном в Псковской и Смоленской областях, а также среди литовской диаспоры.