Фамилия Купчаев — редкий случай, когда внешне тюркская основа не совпадает с привычной моделью «от имени или прозвища». В ней нет суффикса -ов/-ев в чистом виде: это Купча-ев, где -ев — русский патронимический суффикс, а корень — Купча. Но что стоит за этим корнем?

Самая вероятная версия — прозвище Купча от тюркского слова «купчи» (или «кюпчи»), что означало «мелкий торговец», «лавочник» или «скупщик». В диалектах кумыкского, ногайского и карачаево-балкарского языков это слово фиксируется именно в значении «торговец вразнос» или «перекупщик». В таком случае Купчаев — потомок человека, который не просто торговал, а занимался скупкой и перепродажей, возможно, на базаре или в кочевой среде. Суффикс -ев указывает на то, что фамилия оформилась уже в русской среде, скорее всего, при переходе тюркского прозвища в русскую фамилию в XVI–XVII веках.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с этнонимом «кумча» или «кумчук» (крымскотатарское название малой группы). Однако это маловероятно: фамилия Купчаев не встречается массово в Крыму, зато бытует у кумыков, ногайцев и в среде терских казаков. География подсказывает, что основа могла быть искажена при записи: в русских документах «купча» могли записать вместо «кумча» — от «кум» (песок) или «кума» (родственник по отцу). Но это уже догадки, не подкреплённые источниками.

Словообразовательно фамилия проста: корень Купч- + -а- (возможно, древний аффикс принадлежности) + русский суффикс -ев. Сословно — скорее всего, казачья или крестьянская, без дворянских корней. В списках терского казачества XVIII–XIX веков встречаются фамилии на -аев, -ев с тюркскими корнями, и Купчаев мог быть именно оттуда: предок — торговец, осевший на границе.

Если сравнивать с однокоренными — Купчин, Купцов, Купчинов — Купчаев стоит особняком: у него нет суффикса -ин, типичного для притяжательных фамилий от слов на -а, но есть -ев, что наводит на мысль о более поздней русификации. В современных справочниках фамилия редкая, встречается преимущественно в Дагестане, Ставрополье и Чечне.