Фамилия Купча — прозвище в чистом виде, без патронимического суффикса. В основе лежит нарицательное «купец». Такая форма — Купча вместо Купец — возникла из-за живого произношения: в говорах «е» перед твёрдым согласным могло переходить в «я» (ср. «медведь» и диалектное «мядведь»), а «ц» смягчалось. В результате «купец» превратилось в «купяц», а потом, с утратой конечного согласного, — в «Купча». Это не единственная фамилия такого типа: есть, например, Плотник (а не Плотников) или Кузнец, которые тоже застыли в форме прозвища.

Исходное прозвище Купча относилось к «профессиональным» именованиям — указывало на род занятий предка. Однако не обязательно, что предок был крупным торговцем. В крестьянской среде купцом могли назвать любого, кто торговал на стороне: возил на ярмарку мёд, лён, скот. Или — иронично — человека, который любил поторговаться, даже если торговал он курами и яйцами.

Географически фамилия редкая, встречается спорадически. Наибольшая плотность — на западе России и в Беларуси, где «ц» в диалектах особенно активно переходило в «ч» (ср. белорусское «купец» — «купеч»). Это косвенно подтверждает западнорусское или белорусское происхождение фамилии.

В отличие от фамилий на -ов/-ев (Купцов) или -ин (Купчин), форма Купча не прошла стадию притяжательного прилагательного. Это значит, что прозвище закрепилось за родом напрямую, без переосмысления через отчество: не «сын Купца», а просто «Купча» — так звали человека, и так же стали звать его детей. Такие «голые» прозвищные фамилии в русской традиции редки и обычно указывают на раннее закрепление, до массового распространения фамильных суффиксов в XVII–XVIII веках.

Корень тот же, что в фамилиях Купцов, Купецкий, Купчин, Купчик. Но Купча — самая короткая и архаичная форма, сохранившая звуковой след живого говора.