Фамилия Купенова — женская форма фамилии Купенов, и её разумнее всего рассматривать в мужском варианте, чтобы понять корень. Перед нами типичная патронимическая модель на -ов, то есть «чей?» — Купенов, «сын Купена». Но вот имя или прозвище Купен — штука неочевидная.

Скорее всего, основа связана с глаголом «купить» или существительным «купля». В старых русских говорах «купен» или «купень» могло означать купца, торговца, человека, который что-то покупает (иногда с оттенком «скупщик»). Фамилия могла закрепиться за сыном торгового человека или за тем, кого в округе прозвали Купеном за привычку часто что-то приобретать. В этом случае фамилия Купенов — из ряда «профессиональных» прозвищ вроде Купцов, Торговцев, Проданов.

Есть и менее очевидная, но вполне реальная версия: от диалектного слова «купена» — так в некоторых областях называют растение купена (лат. Polygonatum), известное в народе как «соломонова печать». Прозвище Купена могли дать по месту жительства (у зарослей этого растения) или по внешнему сходству (например, за высокий рост и тонкий стан — стебель купены прямой и высокий). В таком случае фамилия — топонимическая или «растительная», редкая, но не уникальная: в русских фамилиях встречаются и Купенев, и Купеников.

Суффикс -ов указывает на центральные и северные регионы России: такие фамилии массово формировались в XV–XVII веках на землях Московского государства. Купеновы — не дворянская фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвище Купен не попало в официальные родословные книги, а бытовало в среде простых людей. Споров между версиями нет: обе правдоподобны, но первая (от «купить») — более вероятна, так как прозвища по роду деятельности встречаются в разы чаще, чем ботанические.