Фамилия Капенова — редкий пример фамилии, образованной не от славянского, а от тюркского мужского имени Капен (вариант — Капын). Основа имени восходит к казахскому или татарскому слову «капын» — «бурный», «стремительный», либо к древнетюркскому «кап» — «мешок», «вместилище». В любом случае, прозвище Капен давали человеку с определенными чертами характера или внешности: либо порывистому и резкому, либо, напротив, запасливому и основательному.

Модель образования фамилии — через суффикс -ов, который в русском языке присоединяли к основам, оканчивающимся на твердый согласный. Фамилия Капенов (женская форма — Капенова) означает «принадлежащий Капену», то есть потомок человека с таким именем. Обычно такие фамилии закреплялись в среде крестьян и казаков, контактировавших с тюркскими народами, — в Поволжье, на Урале, в Сибири.

Интересная деталь: в отличие от множества фамилий, где суффикс -ов указывает на чисто русское происхождение, здесь он «наложился» на нерусскую основу. Это типичная картина для регионов, где веками жили бок о бок русские и тюрки: имя брали у соседей, а фамилию оформляли по-своему. В дореволюционных метрических книгах встречается написание «Капынов» — через «ы», что ближе к произношению исходного имени.

Носительницы фамилии Капенова чаще всего встречаются в Казахстане и прилегающих областях России (Оренбургская, Астраханская, Челябинская). Встречаются также единичные случаи в Татарстане и Башкортостане. Фамилия не относится к числу дворянских или купеческих — её корни уходят в крестьянскую и казачью среду, где личное прозвище легко становилось родовым именем.