Фамилия Купрейченко — типичный пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели. Её основа — просторечная форма мужского крестильного имени Куприян (Купрей, Купрейча). Само имя Куприян восходит к греческому «Киприанос» и переводится как «житель Кипра». На Руси это имя было известно в простонародной среде, поэтому можно предположить, что основатель рода Купрейченко происходил из простого сословия.

Суффикс -енко, характерный для украинской ономастики, указывает на родство: «сын такого-то». Фамилия Купрейченко буквально означала «сын Купрейчи» (Купрейки). Со временем именование закрепилось за потомками и перестало зависеть от возраста носителя.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает фамилию с прозвищем Купрей от диалектного «купри» — так в некоторых говорах называли холм, бугор. В этом случае фамилия могла указывать на место жительства предка. Однако первая версия — от крестильного имени — выглядит убедительнее, так как модель «имя + -енко» была массовой и типичной для украинских фамилий.

Фамилия Купрейченко встречается в центральных и восточных регионах Украины, а также среди переселенцев на юге России и Кубани. Её однокоренные «родственники» — Куприенко, Купреев, Куприянов — различаются лишь суффиксами, но восходят к тому же корню.