Фамилия Купянская — женская форма фамилии Купянский. В её основе лежит прозвище Купянский, которое указывает на связь человека с украинским городом Купянск в Харьковской области. История поселения начинается в 1655 году, когда на месте будущего города возникла слобода Купянка. Её основали переселенцы с Правобережной Украины, бежавшие от польско-шляхетского гнёта. Это была типичная казацкая слобода Слободской Украины: жители несли сторожевую службу на южных рубежах и занимались земледелием. Первое укрепление — крепость на высоком берегу Оскола — защищало их от татарских набегов.

Название слободе дала речка Купянка, впадающая в Оскол. По преданию, название реки происходит от украинского слова «купина» — торфяная кочка. Берега реки в старину были густо усеяны такими кочками. Эта топонимическая цепочка — от природного объекта к поселению и затем к прозвищу жителя — типична для фамилий на -ский/-ская, которые в восточнославянской традиции часто указывали на место жительства или происхождения. Потомок человека по прозвищу Купянский со временем закрепил за собой фамилию Купянская.