Фамилия Кущанов образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ов, который присоединялся к основе прозвища или имени. Основа здесь — Кущан. Вопрос в том, откуда взялось это слово и что оно означало.

Самая прямая версия — от прозвища Кущан, которое восходит к диалектному слову «кущ» или «куща». В южных и западных говорах так называли густой кустарник, заросли, иногда — шалаш или укрытие из веток. Прозвище Кущан могли дать человеку, жившему в глухой, заросшей местности, либо тому, кто строил шалаши (например, пастуху или охотнику). Слово «куща» есть и в церковнославянском языке: оно означает сень, шатёр, жилище. В таком случае прозвище могло иметь и книжный, «библейский» оттенок, хотя для крестьянской среды это менее вероятно.

Вторая, менее очевидная версия — связь с тюркскими языками. В казахском, татарском, башкирском слово «куш» означает «птица», а суффикс -ан может указывать на обладателя признака. Тогда Кущан — «птицелов», «сокольник» или человек, похожий на птицу. Эта гипотеза правдоподобна, если фамилия бытует в регионах с тюркским населением: на Урале, в Поволжье, в Казахстане. В пользу тюркского происхождения говорит и то, что фамилия Кущанов встречается у башкир и татар, где ударение часто падает на последний слог.

С точки зрения социальной истории, фамилия Кущанов, скорее всего, недворянская. Суффикс -ов в сочетании с прозвищной основой типичен для крестьянских и мещанских фамилий центральной России, а также для фамилий, оформленных по русскому образцу у других народов. Если предки были русскими, они могли быть крестьянами или однодворцами из южных губерний — Курской, Воронежской, Тамбовской. Если же фамилия тюркского корня, то её носители — потомки башкирских или татарских родов, получивших фамилию при переходе на русское делопроизводство.

Встречается и редкий вариант написания: Кущанов с двойным «н» — Кущаннов. Это может быть результатом путаницы при записи или указанием на то, что основа оканчивалась на «н» (Кущан + н + ов), но для фамилии Кущанов такое удвоение нехарактерно и скорее всего является ошибкой.