Фамилия Кущербаева почти наверняка имеет тюркское происхождение. Её основа — мужское имя Кущербай, которое распространено у казахов, киргизов, башкир и других народов региона. Суффикс -ев (в женском варианте -ева) указывает на принадлежность: Кущербаева буквально значит «дочь (или жена) Кущербая». Мужская форма фамилии — Кущербаев.

Само имя Кущербай составное. Первая часть, «куш», в тюркских языках означает «птица» (ср. казахское «құс»). Вторая часть, «бай», — традиционный титул «богач», «господин», «хозяин». Таким образом, имя можно перевести как «птица-богач» или «хозяин птиц». В ономастике такое имя могло быть пожелательным: родители надеялись, что сын будет вольным, как птица, и богатым, как бай. Однако есть и другая, более прозаичная версия: «куш» могло быть частью сложного имени, где птица выступала тотемным предком или оберегом.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён, Кущербаева несёт в себе отчётливый след кочевой культуры и родового уклада. Носители фамилии — это потомки человека по имени Кущербай, который, судя по второй части имени, мог быть зажиточным или уважаемым членом общины. Географически фамилия чаще всего встречается в Казахстане, а также среди тюркоязычного населения юга России и Средней Азии. В русском написании возможны варианты с буквой «е» или «ё» (Кущербаёва), но закрепилось написание через «е» как более привычное для русской орфографии.