Фамилия Кушкалиева — казахская по происхождению, и ее основа, прозвище Кушкали, не имеет однозначного толкования. В ономастике предлагают несколько версий, и ни одна из них не отменяет другие: скорее всего, в разных ветвях одного рода прозвище возникло из разных источников.

Самая распространенная гипотеза связывает прозвище с тюркским словом «кушколак» — «заяц» или «косой». В этом случае Кушкали — прозвище по характеру или поведению: так могли назвать несмелого, робкого или пугливого человека. В казахской среде прозвища по повадкам животных — обычная практика, и «заячья» метафора здесь вполне естественна.

Другая версия возводит основу к слову «кучкыл» — «темный». Прозвище могли дать человеку, который постоянно носил темную одежду, либо тому, у кого были смуглая кожа или темные волосы. Такие прозвища по внешнему признаку тоже типичны для тюркской антропонимии.

Третья, более сложная версия, разбивает прозвище на две части: «кушыл» — «присоединяться» и «кали» — «город». Если это так, то Кушкали — прозвище пришлого человека, того, кто переселился в город и примкнул к городской общине. В кочевой и полукочевой среде такой переход был заметным событием и легко закреплялся в прозвище.

Фамилия оформлена по типичной для Казахстана модели: к основе Кушкали добавлен аффикс -ев/-ева, русифицирующий окончание. В самой казахской среде фамилия звучала бы как Кушкалиұлы (сын Кушкали) или Кушкалиқызы (дочь Кушкали), но в документах советского периода закрепилась именно русская форма с суффиксом принадлежности.

Точное время возникновения фамилии определить сложно — массовое закрепление казахских фамилий произошло в первой половине XX века. Однако само прозвище Кушкали могло существовать задолго до этого. Окончательно прояснить историю конкретного рода можно только через генеалогическое исследование: записи метрических книг, данные переписей и устные семейные предания.