Фамилия Кусис, скорее всего, имеет балтское происхождение. В её основе лежит литовское слово «kuosa» — «галка», птица из семейства врановых. Такое прозвище могли дать человеку из-за внешнего сходства: например, из-за тёмного цвета волос или смуглой кожи. В литовской ономастике фамилии на -ис типичны и указывают на мужской род, так что Кусис — это «тот, кто связан с галкой».

Существует и славянская версия, хотя она менее вероятна для фамилии с таким окончанием. Согласно ей, в основе лежит корень «кус» (белорусское «кус», древнерусское «кусъ», болгарское «къс», сербохорватское «кус», чешское и словацкое «kus») в значении «кусок, часть, место». Тогда прозвище могло указывать на владельца части земли или дома. Но для фамилий на -ис славянская модель образования нехарактерна: суффикс -ис в русских и белорусских фамилиях встречается редко и чаще всего как раз в заимствованиях из балтских языков.

Географически фамилия Кусис распространена в Литве и среди выходцев из неё, а также в Латвии и на северо-западе Беларуси — регионах, где веками соседствовали балтские и славянские языки. Окончательно определить точное место и время возникновения рода можно только по генеалогическим документам, но лингвистический анализ уверенно указывает на литовский корень.