Фамилия Кустиковы образована от прозвища Кустик. В её основе лежит слово «куст» — многолетнее низкорослое растение с деревянистым стволом. Прозвище могли дать человеку, жившему у зарослей кустарника, — такая привязка к месту жительства встречается часто.

Но у прозвища есть и другие, неожиданные смыслы. В Московской и Владимирской областях «кустами» называли мелких фабричных промышленников, ткачей, работавших дома на одном станке, а также барышников, раздававших им сырьё. Так что Кустиком могли прозвать не за кусты у дома, а за ремесло: домашнее ткачество или посредничество в этой среде.

В Сибири слово «куст» имело совсем другое значение — человек без крыши над головой, бродяга. Версия, что прозвище Кустик мог получить скиталец, тоже имеет право на существование, хотя для центральной России она менее вероятна, чем «ремесленная».

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Кустик добавили суффикс -ов, означающий принадлежность («чей?» — сын Кустика). Это типичный патроним, закрепившийся в качестве родового имени. Однокоренные фамилии — Кустов, Кустиков — встречаются в разных регионах, но именно форма Кустиковы указывает на множественное число, то есть на целый род или семейство.

Точное время и место возникновения фамилии назвать сложно: прозвище могло появиться независимо в разных губерниях, и в каждом случае значение могло быть своим. Для окончательных выводов нужны генеалогические изыскания по конкретной ветви.