Фамилия Кустикова образована от прозвища Кустик. В его основе лежит слово «куст» — многолетнее низкорослое растение, которое ниже дерева. Чаще всего такое прозвище давали по месту жительства: если дом стоял среди зарослей или рядом с густым кустарником. Однако у слова «куст» были и другие, менее очевидные значения, которые могли лечь в основу фамилии.

В Московской и Владимирской губерниях «кустами» называли мелких фабричных промышленников — ткачей, работавших на дому на одном станке. Такие люди сами покупали припас и ткали бумажные и шёлковые ткани. Прозвище Кустик могло достаться и барышнику, который раздавал сырьё этим рабочим. То есть фамилия вполне могла указывать на род занятий предка, а не на природу вокруг его дома.

В сибирских говорах слово «куст» имело иной оттенок: так называли бродяг и людей без крыши над головой. Поэтому Кустиком могли прозвать и человека, который вёл скитальческий образ жизни. Какая из версий верна для конкретной семьи — без генеалогического исследования сказать сложно, но все три имеют право на существование и опираются на реальные диалектные значения.

Фамилия закрепилась в женской форме Кустикова, что типично для русских фамилий на -ов/-ев, где окончание -а указывает на принадлежность к роду: дочь, жена или вдова Кустика. Мужской вариант — Кустиков. По словообразовательной модели это отчество второго порядка: сначала возникло прозвище Кустик, затем от него образовалась фамилия Кустиков, а уже от неё — женская форма.