Фамилия Кустицкий принадлежит к распространённому типу польско-украинских и белорусских фамилий, образованных от географических названий с помощью суффикса -цкий/-ский. В основе фамилии, скорее всего, лежит название населённого пункта — села Кустино, которое находится в Середина-Будском районе Сумской области. Выходцы из таких сёл или владельцы земель при переезде получали прозвание «Кустицкий», то есть «тот, кто из Кустина».

Название села Кустино, в свою очередь, восходит к нарицательному «куст» — растению с древовидными ветвями, не имеющему центрального ствола. Однако есть и другая версия, связанная не с ботаникой, а с социальным положением. В московских и владимирских говорах «кустом» или «кустарём» называли не только растение, но и мелкого фабричного промышленника, ткача, работавшего дома, а также барышника. Если предок получил прозвище «Куст» по роду занятий, то фамилия Кустицкий могла образоваться и от этого прозвища, минуя топоним.

Фамилии на -цкий в основном носили представители шляхты и духовенства, но со временем они распространились и среди крестьян, особенно после отмены крепостного права, когда бывшим помещичьим крестьянам часто давали фамилии по названиям покинутых деревень. Поэтому носитель фамилии Кустицкий мог быть как потомком мелкопоместного дворянина из Кустина, так и крестьянином, переехавшим оттуда в город.

Сравнение с другими фамилиями (Кустов, Кустаревский) показывает, что корень «куст» в русской ономастике продуктивен, но именно форма с суффиксом -цкий указывает на восточно- или западнославянское происхождение и привязку к конкретному месту.