Фамилия Кустуров — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), она явно восходит к прозвищу или мирскому имени. Ключ к разгадке — в основе «Кустур», которая не встречается в современном русском языке, но имеет параллели в тюркских языках и диалектах.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «кустур» (или близким к нему «кустыр»), которое в ряде тюркских наречий означает «запруда», «плотина» или «преграда». В этом случае прозвище Кустур мог получить человек, живший у такой запруды, или тот, кто занимался строительством плотин на небольших реках. Учитывая, что фамилия распространена на стыке русских и тюркских земель (например, в Поволжье и Приуралье), смешение языков здесь вполне естественно.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий: «чей?» — Кустуров, то есть сын или потомок Кустура. Фамилия могла оформиться в среде крестьян или служилых людей, контактировавших с тюркоязычным населением. Встречается она в основном в южных и восточных регионах России — в Оренбургской, Челябинской областях, а также в Башкортостане, что косвенно подтверждает версию о заимствовании из местных говоров.

Существует и менее распространённая гипотеза: что «Кустур» — это искажённая форма тюркского имени Кус-Туран или Кустуран (от «кус» — птица и «туран» — родина). Однако эта версия выглядит натянутой и не имеет надёжных документальных подтверждений. В любом случае, фамилия Кустуров — яркий пример того, как русская словообразовательная модель усваивает иноязычную основу, создавая уникальный родовой знак.