Фамилия Кутинеков звучит как типично русская, но её корни уходят в домонгольскую эпоху и связаны с тюркскими языками. Основа фамилии — имя или прозвище Кутинек, которое, скорее всего, образовано от тюркского слова «кютинек» или «кутенек» — «щенок», «волчонок». В древности у тюркских народов и у русских, живших с ними по соседству, было принято давать человеку «звериное» прозвище в качестве оберега или для указания на черты характера: сметливость, верность, а иногда и нахальство.

Модель образования фамилии стандартна для русского дворянства и крестьянства: к основе Кутинек добавили патронимический суффикс -ов. Фамилия означает «сын Кутинека». Интересно, что суффикс -ек в самом прозвище уменьшительно-ласкательный, что выделяет эту фамилию среди однокоренных: Кутин, Кутиков, Кутепов. Если Кутин происходит от полного имени Кута (сокращение от Кутлуг — «счастливый»), то Кутинек — это уже «маленький Кутя» или «щенок», что звучало более фамильярно и обиходно.

Географически фамилия редкая и, по данным современных телефонных справочников, тяготеет к южным областям России — Волгоградской, Ростовской, а также к Ставрополью. Это косвенно подтверждает версию о тюркском влиянии: на этих землях веками смешивались славянские, половецкие, а позже ногайские и татарские роды. В дореволюционных метрических книгах Кутинековы встречаются в основном среди государственных крестьян и однодворцев — потомков служилых людей, охранявших южные рубежи.

С точки зрения словообразования, фамилия не даёт сословных подсказок: окончание -ов могло закрепиться и у крестьянина, и у мещанина. Никаких дворянских гербов или династий с этой фамилией не зафиксировано. В советское время фамилия не менялась, так как не была неблагозвучной, и сохранилась в исходном виде. Самый надёжный способ узнать свою ветвь — искать предков по фамилии Кутинеков в ревизских сказках Воронежской или Саратовской губерний середины XIX века.