Фамилия Куюжуклу — редкий пример, когда происхождение человека можно проследить до конкретного села. В основе фамилии лежит прозвище, образованное от топонима Куюджук — названия села в Болгарии. Само название Куюджук восходит к гагаузскому слову «куюджук», что означает «ямочка» или «маленькая яма». Так могли назвать человека, который был выходцем из этого села, по классической модели: где родился — тем и прозвали.

Словообразовательная модель фамилии необычна для русского или украинского ареала. Окончание -лу (или -лы) — типичный тюркский аффикс принадлежности, указывающий на место. В турецком, гагаузском и крымскотатарском языках суффикс -lı/-li/-lu/-lü означает «имеющий отношение к чему-либо» или «родом откуда-то». То есть Куюжуклу буквально переводится как «из Куюджука». Это говорит о том, что фамилия сформировалась не в славянской среде, а в тюркоязычной — скорее всего, среди гагаузов или болгарских турок.

Географическая привязка к селу Куюджук делает фамилию не просто родовым именем, а своеобразным паспортом, указывающим на корни в Болгарии. Если искать аналоги среди славянских фамилий, ближе всего будут украинские фамилии на -енко или польские на -ский, образованные от названий сел. Но Куюжуклу остаётся в рамках другой традиции — тюркской, где топонимическое прозвище сразу становится фамилией без дополнительных русских суффиксов.

В написании фамилии возможны колебания: Куюжуклу, Куюджуклу или Куюжуклы — в зависимости от того, как записывали гагаузское произношение русскими буквами. Встречается и вариант через «дж» (Куюджуклу), что точнее передаёт тюркское звучание. Сама фамилия крайне редкая, и её носители, скорее всего, происходят из болгарских гагаузов или болгарских турок, переселившихся в Россию или Украину в XIX–XX веках.