Фамилия Кузеева — одна из тех, что кажется простой, но при ближайшем рассмотрении открывает несколько возможных путей происхождения. Самый вероятный и прямой путь лежит через разговорную, ласкательную форму имени Кузьма. В быту имя Кузьма (церковная форма — Косма) часто сокращали до Кузя, а ласково могли называть Кузей. От этого прозвища и образовалась фамилия: суффикс «-ев» указывает на принадлежность («чей?» — Кузеев), то есть потомок Кузея.

Менее убедительны, но всё же заслуживают упоминания две другие версии. Первая связывает основу с нарицательным «кузька» — так в некоторых говорах называли жука-вредителя. Само слово, по одной из гипотез, пришло из польского языка, где «kozka» означает «козочка», но в русской почве переосмыслилось. Вряд ли такое прозвище давали человеку напрямую — скорее, оно могло закрепиться за кем-то, кто занимался истреблением или сбором этих жуков. Вторая версия — от слова «кузен» (двоюродный брат), но она малоправдоподобна: заимствованное «кузен» в русской деревне было редкостью и вряд ли стало бы обиходным прозвищем.

Словообразовательная модель фамилии типична для русских фамилий на «-ев»: она образована от основы, оканчивающейся на мягкий согласный (Кузей). Для сравнения: от имени Кузьма при помощи того же суффикса возникли фамилии Кузьмин, Кузмин, а от ласкательной формы Кузя — Кузин. Фамилия Кузеева стоит в том же ряду, но с более редкой, уменьшительно-ласкательной основой. Географически фамилия встречается в разных регионах России, но чаще всего — в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её исконно русское, а не заимствованное происхождение.