Фамилия Кузеев в своей основе содержит разговорно-ласкательную форму имени Кузей. Это сокращение от канонического имени Косма, которое в русской традиции закрепилось как Кузьма. Модель образования типична для русских фамилий: к основе на -ей добавили патронимический суффикс -ев, то есть буквально «чей?» — Кузеев, сын Кузея. В пользу этой версии говорит широкая распространенность уменьшительных форм Кузьма, Кузя, Кузей в старых писцовых книгах.

Менее убедительны альтернативные объяснения. Слово «кузька» (жук) действительно существует, но его связь с прозвищем Кузей сомнительна: в русских говорах такое значение встречается редко, а в качестве личного прозвища «жук» обычно передается через однокоренные фамилии вроде Кузькин. Еще менее вероятна версия о происхождении от слова «кузен»: заимствование из французского появилось в русском языке поздно, в XVIII–XIX веках, когда фамилии у основной массы населения уже сложились.

Географически фамилия Кузеев встречается в Поволжье и Приуралье, особенно среди татар и башкир, но это не меняет ее русской словообразовательной модели: у тюркских народов фамилии на -ев нередко оформляли по русскому образцу. Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, звался Кузей в быту, а официально — Кузьмой.