Фамилия Кужабеков — редкий пример тюркско-персидского именования, адаптированного русским суффиксом. В основе лежит составное мужское имя Кужабек, где первая часть восходит к тюркскому «кужа» (хозяин, владелец, господин), а вторая — к тюркскому «бек» (князь, господин, предводитель). В сумме имя означает «господин-бек» или «владыка-князь» — типичный для кочевой знати титул, который со временем стал личным именем.

Аффикс -ов в конце указывает на русскую модель образования фамилий: «сын Кужабека» или «из рода Кужабека». Такая форма характерна для народов Поволжья, Урала и Казахстана, которые в XIX–XX веках получали русские паспорта и фамилии по отцу. Вероятнее всего, предки носителя фамилии — башкиры, татары или казахи, у которых имя Кужабек (иногда в варианте Кожабек) встречается до сих пор.

Интересная деталь: в казахском языке существует имя Қожабек, где «қожа» (от персидского «хваджа») означает «господин», «наставник», «святой». Если фамилия восходит к этому корню, то Кужабеков — потомок человека, носившего духовный или уважительный титул. В обоих случаях фамилия не указывает на конкретное ремесло, а говорит о социальном статусе родоначальника.

Географически фамилия редка и встречается в основном в Башкортостане, Татарстане и прилегающих областях. Вариант написания с буквой «у» в первом слоге (Кужа- вместо Кожа-) — результат адаптации тюркского звука «о» или «ө» в русской записи.