Фамилия Кужаев образована от тюркского имени Кужай. В основе лежит слово «куж» (тюрк. «пара», «двойня»), а суффикс «-ай» — уменьшительно-ласкательный, характерный для личных имён у башкир, татар и казахов. Таким образом, Кужай — это ласковое прозвище для ребёнка-близнеца или младшего в паре. В некоторых диалектах «куж» могло означать «сильный» или «могучий», что допускает и вторую версию: имя-пожелание, данное с надеждой на физическую силу.

Формант «-ев» указывает на русскую модель фамилии, заимствованную через документы или при крещении. В XIX — начале XX века многие тюркские народы Поволжья и Приуралья получали фамилии именно по такой схеме: к имени отца добавляли русский патронимический суффикс. Так Кужаев — это буквально «сын Кужая».

Географически фамилия тяготеет к Башкортостану и Оренбургской области. Встречается она и у татар-мишарей, но реже. Интересно, что в некоторых башкирских родах имя Кужай фиксируется как антропоним ещё в документах XVIII века, например, среди тептярей и бобылей — сословий, плативших оброк и часто менявших места жительства. Это говорит о том, что предки Кужаевых могли быть не кочевниками-скотоводами, а земледельцами или ремесленниками, приписанными к заводам или деревням.

Поскольку фамилия не имеет княжеского или дворянского суффикса («-ский»), её носители, скорее всего, происходили из крестьян или мещан. В дореволюционных метрических книгах Кужаевы встречаются как «инородцы» или «башкиры» — так тогда обозначали нерусское население, принявшее православие или сохранившее ислам. Чёткого указания на сословие в документах часто нет, но ясно одно: фамилия сформировалась в среде, где личное имя было важнее наследственного статуса.