Фамилия Кужалева — женская форма от Кужалев, и её происхождение, скорее всего, связано с тюркскими языками. Основа «кужа» или «кожа» в ряде тюркских наречий означает «господин», «хозяин», «владелец». Это слово хорошо известно в казахском, башкирском, татарском языках. Соответственно, прозвище Кужал или Кужалей мог получить человек состоятельный, уважаемый, либо тот, кто служил у такого господина.

Суффикс «-ев» указывает на русский способ оформления фамилии — по модели «чей?» (чей сын? — Кужалев). Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ, распространённая на всей территории России, но особенно характерная для регионов с активным русско-тюркским контактом. Географически фамилия Кужалевы встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — там, где исторически жили татары, башкиры, казахи и шло смешение с русским населением.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным русским словом «кужля» — так в некоторых говорах называли неопрятного, растрёпанного человека. Однако эта версия слабее: у неё нет широкого ареала, и она не объясняет редкую форму «Кужал-» без типичных русских суффиксов прозвищ. Тюркское происхождение выглядит убедительнее.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться и через «о» — Кожалев, что тоже отсылает к тому же тюркскому корню. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была крестьянской или мещанской, но точных данных по этому роду нет.