Фамилия Кужакова — женская форма мужской фамилии Кужаков, которая образована по самой распространённой русской модели с суффиксом -ов. Это значит, что в основе лежит прозвище или имя Кужа́к, а сама фамилия отвечает на вопрос «чей?»: сын, потомок или жена Кужака.

Самая вероятная версия происхождения прозвища Кужак связана с тюркскими языками, где кужак или кожа (слова с похожим звучанием) могут означать «козёл» или «баран». В кочевых и полукочевых культурах прозвища по названиям домашних животных были обычным делом: так могли назвать упрямого, драчливого или, наоборот, плодовитого мужчину. Другая тюркская параллель — кужак как «защитник» или «страж» (от кужить — беречь, охранять). Это могло быть прозвище сторожа, воина или человека, которому доверяли охрану имущества.

В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, слово кужак могло иметь иное значение. В некоторых диалектах кужак — это «сверток», «узел» или «куль», что могло указывать на профессию упаковщика, торговца или просто неряшливого человека. Встречается и значение «гриб-дождевик» — так могли прозвать полного или приземистого человека.

Менее вероятна, но возможна версия от календарного имени. В святцах нет имени Кужак, но в народной традиции иногда переделывали редкие христианские имена (вроде Косма или Кукша) в более привычные звучания. Однако для фамилии Кужакова эта гипотеза слабая: следов такого перехода в исторических документах не найдено.

Географически фамилия Кужаков и её женская форма Кужакова чаще всего встречаются в регионах с сильным тюркским влиянием — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди казахов и башкир. Это подтверждает версию о тюркском корне. В XVIII–XIX веках такие фамилии получали крещёные татары и башкиры, а также русские переселенцы, перенимавшие местные прозвища.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым: от крестьян и казаков до купцов. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформилась в среде, где преобладала великорусская модель фамилеобразования, то есть в среде русского или обрусевшего населения. Если предок носил прозвище Кужак, то его потомки стали Кужаковыми, а женщина, носящая фамилию Кужакова, — это либо дочь, либо жена кого-то из этого рода.