Фамилия Кужарова — женская форма фамилии Кужаров. Основа фамилии, «Кужар», звучит нехарактерно для русского уха, и это сразу указывает на её вероятные нерусские корни. Наиболее правдоподобная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «кужар» или близкие к нему формы могли означать «смелый», «отважный», «храбрец». Это было прозвище, которое давали воину или человеку с крутым нравом. Суффикс «-ов» (в мужском варианте «-ов») — стандартный русский патронимический суффикс, который присоединяли к нерусским основам, когда татары, башкиры или представители других народов входили в состав русского дворянства или просто крестились. Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, Кужар — человек, получивший прозвище за храбрость.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с географическим названием. В топонимике встречаются речки и урочища с корнем «кужар», особенно на Урале и в Западной Сибири, где сильно влияние тюркских языков. В этом случае прозвище могли дать человеку, который жил у реки Кужар или на одноимённом хуторе. Но прозвищное происхождение от личного качества выглядит более естественным: прозвища приживались чаще, чем топонимические указатели.

Словообразовательная модель фамилии проста, но показательна. Мужская форма «Кужаров» образована по типу «Иван — Иванов», то есть «сын Кужара». Суффикс «-ов» здесь не указывает на принадлежность к конкретному сословию — такие фамилии встречались и у крестьян, и у служилых людей, и у купцов. Единственное, что можно сказать уверенно: фамилия не древняя, сложилась она не раньше XVI–XVII веков, когда начался массовый процесс «обрусения» тюркских прозвищ.

В современной России фамилия Кужарова редкая. Её можно встретить в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), на Южном Урале и в некоторых регионах Сибири — то есть там, где исторически жили тюркские народы и где активно шли процессы ассимиляции. Если искать однокоренные фамилии, то это Кужаров, Кужаев, Кужин — все они восходят к одному корню, но с разными суффиксами. Сравнение с ними подтверждает, что основа «куж» была продуктивной в прозвищной системе.