Фамилия Кужанова, при всей своей редкости, имеет довольно прозрачную этимологию. В её основе лежит прозвище или имя Ку́жан, которое образовано от нарицательного слова «кужан». В русских говорах, особенно в южных и западных регионах, так называли кувшин, кринку или глиняный горшок для молока. Следовательно, прозвище Кужан мог получить гончар, мастер по изготовлению такой посуды, или же человек, чья внешность или привычки ассоциировались с этим предметом — например, полный, круглый, «пузатый» человек.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ов (в женском роде -ова) присоединяется к основе прозвища, указывая на принадлежность. Кужанова буквально означает «дочь (или жена) Кужана». Форма на -ова характерна для фамилий, возникших в центральных и южных областях России, а также на Украине и в Белоруссии, где прозвища на твёрдый согласный давали именно этот суффикс.

Интересно, что слово «кужан» имеет и другое, более редкое значение — так в некоторых диалектах называли вид корзины или лукошка. Это добавляет альтернативную версию: прозвище могло относиться к корзинщику или торговцу, носившему товар в кужане. Однако версия с гончаром более правдоподобна, поскольку кувшин — предмет бытовой, а прозвища по ремеслу — одна из самых массовых групп русских фамилий.

Фамилия не относится к числу дворянских или широко распространённых. Её носители — потомки крестьян или ремесленников, и географически она тяготеет к регионам, где было развито гончарное дело: юг России (Курская, Воронежская области), а также Украина. Встречается она и у татар, но в этом случае корень может быть иным: от тюркского «кужан» — «защитник», «страж». Однако для русской фамилии первично именно славянское значение.