Фамилия Кужагулов — яркий образец тюркской ономастики, и её разговор стоит начать не с корня, а с модели образования. Она построена по продуктивной для казахского и башкирского языков схеме: основа + уменьшительно-ласкательный аффикс -гул (от персидского «гол» — цветок, роза) + русский патронимический суффикс -ов. Иными словами, перед нами не просто имя, а имя, превращённое в фамилию через добавление «цветочного» компонента, что было типично для мусульманских народов Российской империи в XIX — начале XX века.

Основа «Кужа» (или «Кожа») восходит к арабскому слову «ходжа» (хозяин, господин, наставник). В тюркской среде это слово приобрело несколько значений. Самое распространённое — почётный титул для купцов, учителей или людей, совершивших хадж. Однако в казахском и башкирском языках «кожа» (или «кожахмет») часто обозначало потомков пророка Мухаммеда (сайидов), то есть людей, принадлежавших к духовному сословию. Таким образом, Кужагулов буквально означает «сын уважаемого господина, подобного цветку» или, вероятнее, «потомок Кожагула» — где Кожагул было составным личным именем (Кожа + Гул, то есть «цветок-господин»).

Географически фамилия тяготеет к западному Казахстану, Оренбургской области и Башкортостану. В XIX веке носители такой фамилии чаще всего встречались среди казахов Младшего жуза и башкир, занимавшихся скотоводством или торговлей. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в документах после реформ 1870-х годов, когда кочевое население стали массово записывать в метрики по русскому образцу.

Стоит отметить, что в отличие от фамилий с чистым арабским корнем (например, Ходжаев), форма Кужагулов сохранила тюркский ласкательный элемент, что делает её более «домашней» по происхождению. Скорее всего, первый носитель фамилии получил прозвище Кожагул (или Кужагул) не от официального титула, а от уважительного обращения в своей среде — так могли назвать грамотного старейшину или зажиточного хозяина.

Встречаются варианты написания «Кужагулов» и «Кужагулов». Первый, с буквой «у» после «ж», — более точная передача казахского произношения, где звук «ж» смягчает соседнюю гласную. Второй вариант — результат адаптации при записи в русских канцеляриях, где часто упрощали нестандартные сочетания.