Фамилия Кужемуратов — один из тех случаев, когда основа говорит сама за себя, но требует небольшого лингвистического перевода. Она образована от тюркского составного имени Кужемурат. Первая часть, «Куже», восходит к тюркскому küže или küze — «защита, охрана, оберег». Вторая часть, «мурат», — это арабское по происхождению имя Мурат (Мурад), означающее «желанный», «цель», «намерение». Таким образом, имя Кужемурат в буквальном смысле можно понять как «защищённое желание» или «охраняемая цель», то есть имя-оберег, которое давали ребёнку, чтобы его жизненные устремления были под защитой высших сил.

Фамилия строится по стандартной для тюркских языков модели: к основе имени Кужемурат добавляется русский патронимический суффикс -ов, который в данном случае выполняет роль фамильного форманта. Получается: Кужемурат + ов = «сын Кужемурата», «принадлежащий роду Кужемурата». В среде татар, башкир и других тюркских народов Волго-Уральского региона такие фамилии — обычное дело. Они фиксировались в метрических книгах и переписях в XIX веке, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по имени отца.

Географически фамилия Кужемуратов тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану. Встречается она нечасто, что указывает на относительно локальное происхождение родоначальника. Скорее всего, предки носителей этой фамилии были башкирами или татарами, жившими в степных или лесостепных районах, занимавшимися скотоводством или земледелием. Имя Кужемурат не было широко распространено даже в XIX веке, поэтому фамилия сохранила свою редкую, «штучную» форму.

Стоит отметить, что в русском языке фамилия могла подвергнуться упрощению: в устной речи и при записи иногда отбрасывали один слог, превращая её в Кужмуратов. Однако исходный, полный вариант — Кужемуратов — точнее передаёт структуру имени-основы. С точки зрения этимологии это «говорящая» фамилия: она прямо указывает на имя предка, который, по замыслу родителей, должен был жить под защитой своей же цели.