Фамилия Кужепикшев — редкая и неочевидная даже для специалиста по русским фамилиям. Её происхождение лежит не в славянском, а в тюркском языковом мире, и разобрать её можно только через призму антропонимии народов Поволжья и Приуралья.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Кужепикш. Скорее всего, это сложное слово, состоящее из двух частей. Первая часть «куж» или «куже» восходит к тюркскому «күҙ» (глаз) или «көҙ» (осень), но более вероятна связь с башкирским или татарским «көжә» (козёл) или «көжәк» (вид козьей шерсти). Вторая часть «пикш» — это искажённое «бикша» или «пикша», что в тюркских языках может означать «писарь», «писец» (от арабского «бикр» — первый, но чаще через персидское «бикча» — книга). Таким образом, Кужепикш — это составное прозвище вроде «козлиный писец» или «писарь с козлиной бородкой», но точное значение утрачено.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ. В XVI–XIX веках, когда башкиры, татары и мишари переходили в православие и получали фамилии, их имена и прозвища русифицировали именно таким способом. Кужепикшев — значит «сын Кужепикша» или «потомок того, кого звали Кужепикш». Фамилия почти не встречается за пределами Башкортостана и Оренбургской области, что подтверждает её региональную привязку.

Встречаются варианты написания с одной «ш» — Кужепиксев, что может быть следствием неграмотной записи в метрических книгах. Однокоренные фамилии — Кужев, Кужебаев, Пикшев — подтверждают, что обе части корня активно использовались в тюркской ономастике. Носители фамилии Кужепикшев, скорее всего, происходят из башкирских или татарских родов, принявших крещение, или из служилых людей, чьи предки занимались письмоводством при местных управах.