Фамилия Кужеева — редкий пример, где географический корень просматривается яснее, чем прозвищный или профессиональный. В основе почти наверняка лежит тюркский топоним или этноним. Речь о слове «куж» или «кужу», которое в ряде тюркских языков означает «юг», «южный», а также может относиться к названию местности или реки. Самый прямой аналог — село Кужеево в Башкортостане, в Кигинском районе. Фамилия, скорее всего, пошла от прозвища переселенца «Кужей», то есть «южанин», «пришедший с юга», или от названия того самого села, если предок был оттуда родом.

Суффикс -ев указывает на русскую модель патронимического образования, но сама основа — не славянская. Это типичная картина для Поволжья и Приуралья, где русские фамилии нередко вбирали тюркские корни. В данном случае фамилия могла сформироваться в среде крещёных татар, башкир или чувашей, перешедших на русский язык и принявших русскую фамильную форму. Мужской вариант — Кужеев — был бы образован от прозвища Кужей, а женская форма Кужеева закрепилась как родовая.

Есть и альтернативная, но менее вероятная версия: от диалектного русского слова «куж» — в некоторых говорах так называли корзину или лукошко. Тогда Кужеев мог быть прозвищем корзинщика или торговца корзинами. Однако тюркская этимология убедительнее хотя бы потому, что фамилия почти не встречается в центральных русских областях, зато распространена в Башкортостане, Татарстане и соседних регионах. Спорных версий здесь немного: обе гипотезы укладываются в одну словообразовательную модель, но топонимическая связь подтверждается реальной географией.

Социальный состав носителей фамилии, судя по архивным данным, был крестьянским и мещанским. В XIX веке Кужеевы записаны в ревизских сказках Оренбургской и Уфимской губерний — это были государственные крестьяне, часто из башкирских или татарских родов, принявших православие. Дворянских ветвей с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия остаётся достаточно редкой, но устойчивой в своём ареале — на Южном Урале и в Заволжье.