Фамилия Кужекина образована от древнетюркско-татарского обрядового имени Кужека (Кужак, Кузак), что в переводе на русский язык означает «стручок гороха». Это имя давалось с пожеланием, чтобы в будущем у мальчика было так же много детей, как горошин в стручке. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Кужекиных можно лишь на основании генеалогических исследований.