Фамилия Кужекина ведет начало от мужского личного имени Кужека (встречаются также варианты Кужак и Кузак). В основе этого имени лежит древнетюркско-татарское слово, которое в буквальном переводе на русский язык означает «стручок гороха». Такое имя давали новорожденному мальчику с глубоким смыслом: оно служило пожеланием многочисленного потомства — чтобы детей в семье было так же много, как горошин в стручке.

Словообразовательная модель фамилии прозрачна: к основе Кужек- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. «Кужекин» буквально означает «сын Кужеки» или «потомок Кужеки». Суффикс -ин характерен для русских фамилий, образованных от имен или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, что типично для северных и центральных регионов России.

Интересно, что имя Кужека — не единственное в ряду «растительных» пожелательных имен у тюркских народов. Подобные имена давались как обереги или программы на будущее, и «гороховый стручок» — один из самых наглядных символов плодородия и многодетности. Вероятно, предок Кужекиных жил в зоне активных контактов русского и тюркского населения — в Поволжье, Приуралье или на южных рубежах Московского государства.

Процесс закрепления фамилий в крестьянской среде растянулся на несколько столетий, поэтому назвать точное время и место возникновения рода Кужекиных без генеалогических изысканий невозможно. Однако сама форма фамилии — с суффиксом -ин, а не -ов — указывает на то, что она сформировалась не в южнорусских землях, а скорее в среднерусской или северной полосе, где этот суффикс был преобладающим.