Фамилия Кужекин — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ин кроется совсем не славянская основа. Её ядро — древнее тюркско-татарское обрядовое имя Кужека (известное также в формах Кужак и Кузак). В буквальном переводе на русский язык это имя означало «стручок гороха». Имя давали мальчику с глубоким символическим смыслом: как пожелание, чтобы у него в будущем было так же много детей, как горошин в плотном стручке. Это типичная для многих культур «желательная» антропонимия, где имя служило своего рода заклинанием на плодовитость и продолжение рода.

Словообразовательная модель фамилии проста и показательна. К основе Кужек- присоединён патронимический суффикс -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность («чей?» — Кужекин, то есть сын Кужеки). Эта модель характерна для фамилий, возникших в среде, где имя отца (или прозвище) оканчивалось на -а или -я. Таким образом, фамилия Кужекин — это классический пример того, как тюркское по происхождению личное имя адаптировалось в русской языковой среде и закрепилось в официальной фамилии.

Географически фамилия Кужекин тяготеет к регионам, где исторически были сильны тюркские влияния и смешанное население. Чаще всего её носителей можно встретить в Поволжье (особенно в бывших Казанском и Симбирском наместничествах), на Южном Урале и в некоторых областях Сибири, куда переселенцы принесли свои родовые имена. Это не случайно: именно здесь веками соседствовали и смешивались русские, татары, башкиры и чуваши, и фамилии на -ин от тюркских имён — обычное дело.

Интересная деталь, которая отличает эту фамилию от многих других «растительных» фамилий: её основа — не название самого растения (горох), а именно «стручок» как вместилище. Это сразу указывает на конкретный обрядовый, а не бытовой контекст. В русской среде прозвище «Горох» или «Горошин» тоже встречалось, но там мотивация была совсем другой — чаще всего по внешнему сходству (рябой, круглолицый). У Кужекиных же изначальный смысл — пожелание многодетности, что делает эту фамилию родственной по духу таким именам, как Багаутдин (краса веры) или Миннебай (тысяча богатств), только в более приземлённом, «огородном» образе.