Фамилия Кужеков — редкий случай, когда тюркская основа скрывает не имя и не прозвище, а целую социальную роль. Вопреки ожиданию, её корень — не в личном имени Кужа (хотя такой вариант тоже существует у башкир и татар), а в слове «кужек». В ряде тюркских диалектов, особенно в казахском и ногайском, «кужек» означает «пастух», «табунщик» или, в более узком смысле, «погонщик скота». Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был не просто скотоводом, а человеком, отвечавшим за перегон и охрану лошадей или овец — занятие, требовавшее выносливости и знания степных маршрутов.

Модель образования фамилии стандартна для русского ономастикона: к основе «Кужек» добавлен патронимический суффикс -ов, означающий «чей?» — то есть «сын Кужука» или «из рода Кужука». Сама основа могла быть прозвищным именем, данным пастуху, или же именем-оберегом, нередким у кочевых народов: называя сына «Кужек» (пастух), родители желали ему быть крепким, неутомимым и удачливым в делах. Встречается и версия, что «Кужек» — это вариант имени Кожа (от арабского «ходжа» — господин, учитель), но такое объяснение менее вероятно для фамилий с суффиксом -ов, которые в тюркской среде чаще образуются от бытовых, а не религиозных прозвищ.

Географически фамилия Кужеков привязана к регионам, где исторически смешивались тюркские и русские традиции: Оренбургская область, Башкортостан, Татарстан, а также Северный Кавказ (особенно среди ногайцев). Встречается она и у казахов, но там чаще фиксируется в форме Кужеков или Кожеков. Интересно, что в некоторых говорах ударение падает на первый слог — Ку́жеков, что выдает диалектное произношение основы, где «кужек» звучало как «кӱжек» (с мягким «к»).

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Кужеков стоит в одном ряду с Кужаковым, Кужелевым и Куженовым. Все они восходят к словам, связанным с пастушеством или скотоводством, но Кужеков выделяется тем, что его основа не имеет уничижительного оттенка (в отличие, скажем, от «кужак» — «козел» в некоторых диалектах). Это фамилия человека, чей предок занимался конкретным и уважаемым в степи делом — не просто пас скот, а вёл его через перегоны, что требовало смелости и авторитета.