Фамилия Кужекины — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или профессия, а обрядовое имя. Её родоначальника, скорее всего, звали Кужека (или Кужак). Это древнетюркско-татарское имя, которое дословно переводится как «стручок гороха». Имя давали мальчикам с пожеланием многодетности: чтобы детей было так же много, как горошин в стручке.

Корни фамилии уходят в XV–XVII века, в эпоху, когда тюркские имена активно проникали в русскую среду. Этому способствовал исторический контекст: многие дворянские роды России вели своё начало от выходцев из Золотой Орды — печенегов, половцев или татар. Фамилия Кужекины, таким образом, принадлежит к пласту древнейших восточных фамилий, которые закрепились на русской почве.

Сама модель образования проста: к основе Кужек- добавился русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Кужекин, то есть сын Кужеки). Форма множественного числа Кужекины означает уже весь род в целом.

Стоит отметить, что, хотя версия о тюркском корне выглядит наиболее убедительной, фамилия могла возникнуть и независимо от обрядового имени. В некоторых говорах «кужека» или «кужак» могло быть прозвищем человека невысокого роста, круглого или «горохом» сыплющего словами. Однако первое объяснение — с именем-пожеланием — поддерживается и восточным колоритом основы, и тем, что фамилия встречается не только в крестьянской, но и в дворянской среде, где иноязычные корни были особенно распространены.