Фамилия Кожекин — один из примеров того, как на Руси прозвище, связанное с ремеслом или внешностью, превращалось в родовое имя. В её основе лежит прозвище Кожека, которое напрямую связано со словом «кожа». Такое прозвище могли дать человеку, работавшему с кожей: кожевнику, скорняку, шорнику или сапожнику. В старину кожевенное дело было одним из самых распространённых и уважаемых ремёсел, поэтому и фамилий с корнем «кож-» в России немало — Кожевниковы, Кожемякины, Кожины. Кожекины стоят в этом ряду особняком из-за редкого суффикса «-ек-» в основе.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Если большинство фамилий от ремесленников образовано с помощью суффикса «-ник» (Кожевник) или «-арь» (Кожемяка), то форма Кожека указывает на уменьшительно-ласкательное или пренебрежительное прозвище. Скорее всего, так называли молодого подмастерья или человека невысокого роста, работавшего с кожей. Суффикс «-ин» в окончании фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Кожекин, то есть сын или потомок Кожеки.

Точное место возникновения фамилии установить сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве фамилий шёл несколько столетий, с XV по XVII век. Однако можно предположить, что Кожекины происходят из северных или центральных регионов России, где кожевенные промыслы были особенно развиты — например, из-под Костромы, Ярославля или Вологды. В этих краях фамилии на «-ин» особенно характерны, а ремесленные прозвища нередко становились фамилиями целых династий.

В отличие от распространённых Кожевниковых, Кожекины — фамилия редкая. Встречается она в основном в Поволжье и на Урале, что может говорить о миграции ремесленников в XVIII–XIX веках на новые земли. В документах переписей и метрических книгах эта фамилия почти не фигурирует, что делает её особенно интересной для тех, кто пытается восстановить историю своего рода.