Фамилия Кожекин образована от прозвища Кожека. В основе — нарицательное «кожа». Прямое значение прозвища — «кожанка», «кожаная вещь» или «тот, кто имеет отношение к коже». Чаще всего так в старину называли кожевника, скорняка или ремесленника, работающего с выделанной кожей. Реже прозвище Кожека закреплялось за человеком в насмешку — за толстую или грубую кожу, либо за привычку носить кожаную одежду.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Кожекин, то есть сын Кожеки). В южнорусских и украинских землях от того же прозвища возникла бы фамилия Кожевников, Кожемякин или Кожухаренко. Фамилия Кожекин — одна из редких, где основа сохранила уменьшительную форму (Кожека), а не прямое название ремесла.

В ономастических словарях фамилия не получила широкого описания, но её однокоренные варианты (Кожевников, Кожин, Кожанов) встречаются в переписных книгах XVII века, что позволяет отнести появление Кожекиных к тому же периоду — к эпохе, когда прозвища на -ка (Бородка, Глазка, Кожека) были особенно распространены в крестьянской и посадской среде.