Фамилия Кожекина образована от прозвища Кожека. Основа здесь — слово «кожа», и это сразу подсказывает, чем предок мог заниматься или за что получил своё прозвище. В русской традиции прозвища, связанные с кожей, почти всегда указывали на ремесло: кожевник, скорняк, выделыватель шкур. Человек, которого в быту звали Кожекой, скорее всего, работал с кожей — дубил, мял, шил из неё. Суффикс «-ек» в прозвище придаёт оттенок уменьшительности или обиходности, так могли называть мастера, подмастерья или просто человека с характерным признаком, например, с грубой кожей рук.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных областей России: прозвище на согласный плюс суффикс «-ин» (Кожека + -ин) даёт форму, отвечающую на вопрос «чей?» — то есть «сын Кожеки». В женском варианте, Кожекина, сохраняется та же основа. Интересно, что фамилия встречается нечасто, и её география тяготеет к регионам, где исторически были развиты кожевенные промыслы — например, в Поволжье и на Урале. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные модели разбираются как типичные для профессиональных прозвищ, хотя сам корень «кож-» в фамилиях встречается реже, чем «кузнец» или «плотник». Это делает Кожекину ценной с точки зрения истории ремёсел: она прямо указывает на занятие, которое в документах могло не фиксироваться, а передавалось устно.