Фамилия Кужеев восходит, вероятно, к польскому слову kurz – «пыль». Возможно, предок, получивший прозвище Кужея, жил недалеко от большой дороги. Однако нельзя исключить, что он был не очень чистоплотным человеком. Возможно, в основе этой фамилии лежит чешское слово kuze – «кожа». Поэтому Кужеей могли также называть и скорняка, занимавшегося выделкой кож. Согласно другой версии, фамилия Кужеев имеет тюркское происхождение и образована от слова «кужея»: так называют болотистую местность, поросшую лиственным лесом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кужея, со временем получил фамилию Кужеев.