Фамилия Куженов образована от прозвища или имени Кужен. Основа здесь — корень «куж-», который в русских говорах имеет несколько значений, и это как раз тот случай, когда без географии и диалектологии не обойтись.

В северных и сибирских говорах «кужень» или «куженя» — это маленький, короткий, невзрачный человек. Слово происходит от «куж» — коротыш, обрубок. В этом случае фамилия Куженов — типичное «прозвищное» образование: предка могли прозвать Куженом за невысокий рост или щуплое телосложение. Суффикс «-ен» здесь указывает на лицо (как в прозвищах Малён, Толстен), а «-ов» — стандартный патронимический суффикс, означающий «сын Кужена» или «потомок Кужена».

Есть и другая, менее очевидная версия. В рязанских и тамбовских говорах «кужа» — это вид плетёной корзины, кузовок для ягод или грибов. Если принять эту основу, то Кужен могло быть прозвищем корзинщика, мастера по плетению кузовов. Такая версия правдоподобна, но уступает первой по распространённости: фамилия чаще встречается в северных регионах (Архангельская, Вологодская области), где «кужень» в значении «коротыш» хорошо засвидетельствовано в диалектных словарях.

Фамилия Куженов — редкая. В дореволюционных источниках она почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении или о локальном бытовании в крестьянской среде. В списках однодворцев или казачества она не встречается, так что, скорее всего, предки были государственными или помещичьими крестьянами Русского Севера. Сравните с однокоренными фамилиями: Кужлев, Кужуков — они тоже отсылают к прозвищам, но с другими суффиксами. Куженов стоит особняком из-за редкого суффикса «-ен», который в русских фамилиях встречается нечасто (обычно это «-ин» или «-ов» напрямую к основе).