Фамилия Кужукеева образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. В данном случае основа — Кужуке(й), а суффикс закрепился в написании как -еев из-за безударного положения. Фамилия женского рода, мужской вариант — Кужукеев.

Корень фамилии — скорее всего, тюркский. Наиболее вероятная версия: в основе лежит тюркское имя или прозвище Кужук (Кучук, Кожук). В тюркских языках «кучук» означает «щенок, детёныш». Такое имя в прошлом давали ребёнку как оберег: считалось, что имя, означающее нечто маленькое и безобидное, отведёт от него злых духов и болезни. Уменьшительная форма имени — Кужуке — могла означать «маленький Кужук», а затем, с помощью суффикса -ев, превратилась в фамилию. Таким образом, Кужукеев — буквально «потомок того, кого звали Кужуке».

Фамилия редкая и имеет отчётливую географическую привязку. Подавляющее большинство носителей фамилии Кужукеева (и Кужукеев) живёт в Кыргызстане, а также среди киргизской диаспоры. Это указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где тюркские имена были обычны, а русский фамильный суффикс добавился в период вхождения региона в состав Российской империи или в советское время, при оформлении документов. В отличие от многих русских фамилий, которые складывались веками, киргизские фамилии на -ев нередко фиксировались в XX веке на основе отчества или родового прозвища.

Встречается также вариант написания Кужукеева с двумя «е» подряд — это не ошибка, а особенность передачи звучания на письме. Фонетически фамилия произносится с ударением на втором слоге: Кужу́кеева.