Фамилия Кужуев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ев скрывается нерусская, скорее всего тюркская, основа. Модель образования проста: к корню «Кужу-» пришит патронимический суффикс -ев, который в русской традиции означает «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Значит, прозвище или имя Кужу (Кужа, Кужей) было у прямого предка.

Самая вероятная версия происхождения корня — от тюркского слова «кужу» или «кужы». В ряде тюркских языков (например, в башкирском, татарском, казахском) «кужы» означает «ягнёнок», «барашек». Прозвище Кужу могли дать человеку за мягкий, кроткий нрав, за внешнее сходство с этим животным или в качестве охранительного имени — чтобы ребёнок рос здоровым, как молодой барашек. В тюркской антропонимии имена и прозвища, связанные с домашними животными, — обычное дело, они не несли унизительного смысла.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза: связь с арабским именем Хужа (Ходжа) через диалектное произношение. Но это требует цепочки фонетических изменений, которые неочевидны, поэтому версия с «ягнёнком» выглядит надёжнее.

Географически фамилия Кужуев встречается в Поволжье, особенно в Башкортостане и Татарстане, а также среди башкир и татар, живущих в Челябинской и Оренбургской областях. Встречается она и у русских, но, скорее всего, это потомки тех же тюркских народов, перешедшие в русскую культуру и получившие фамилию по отцу в русской форме.

Сословно предки Кужуевых, вероятнее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми людьми из «инородцев». Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано. Фамилия редкая, не входит даже в сотню самых распространённых в своих регионах, что говорит о её локальном характере — она могла возникнуть в одном-двух селениях и не разойтись широко.