Фамилия Кужиев образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Кужий. Такая форма могла быть либо разговорным вариантом личного имени, либо прозвищем, либо фамилией отца, записанной без стандартного окончания.

Корень «куж-» в русских говорах имеет отчетливое диалектное значение. В северных и уральских говорах «кужий» — это «кузнечик», а слово «кужа» означало «кожа» или «шкура». Однако едва ли прозвище давали по насекомому. Куда правдоподобнее версия, связывающая фамилию с ремеслом: «кужа» в значении «сыромятная кожа» или «выделанная шкура». Тогда Кужий — это кожевник, скорняк или мастер по выделке кож. Такие прозвища были типичны для северных территорий России, где кожевенное дело было одним из основных промыслов.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками, где «куж» или «кужу» может означать «защита», «опора» или быть частью составного имени. Однако фамилия Кужиев не типична для тюркских регионов — она почти не встречается в Татарстане, Башкортостане или на Кавказе. Основной ареал фамилии — Вологодская, Архангельская, Кировская области и Удмуртия. Именно там фиксируются и однокоренные фамилии: Кужев, Кужин, Кужаков.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия Кужиев — относительно поздняя, из числа тех, что окончательно закрепились в крестьянской среде в XVIII–XIX веках. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Кужиев, то есть сын или потомок Кужего. Социальный контекст прост: предок носителя фамилии был, скорее всего, государственным или помещичьим крестьянином, занимавшимся обработкой кож.