Фамилия Кужилева — женская форма фамилии Кужилев, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени с помощью суффикса -ев. Этот суффикс указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кужилев — потомок человека по прозвищу или имени Кужиль.

В отличие от типичных фамилий на -ов (от основ на твёрдый согласный) или -ин (от основ на -а/-я), фамилии на -ев обычно возникали от основ на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа «Кужиль» заканчивается на мягкий -ль, что и определило суффикс.

Сама основа «Кужиль» — тёмная и редкая. В ней можно предположить два корня. Первый: диалектное слово «куж» или «кужа» — в некоторых говорах так называли лукошко, короб или плетёную ёмкость для ягод и грибов. Тогда Кужиль мог быть прозвищем корзинщика, плетельщика или человека, носившего такую тару. Второй вариант: искажённое тюркское имя или прозвище. В тюркских языках есть корень «куж» со значением «сила» или «мощь», а также имя Кужа (встречается у башкир и татар). Суффикс -иль в таком случае мог быть русским адаптационным окончанием.

Географически фамилия Кужилев (и Кужилева) крайне редка. Основные очаги её бытования — Поволжье и Приуралье, где исторически смешивались русские и тюркские (татарские, башкирские) фамильные традиции. Это косвенно подтверждает версию о тюркском происхождении основы, адаптированной русской словообразовательной моделью.

Сословно предки Кужилевых, скорее всего, относились к государственным крестьянам или однодворцам — именно в этих средах чаще всего встречаются редкие, нестандартные прозвища, ставшие фамилиями. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано.

Таким образом, фамилия Кужилева — это редкий пример сращения местного (вероятно, тюркского) прозвища с русским патронимическим суффиксом. Точное значение исходного слова сегодня можно только реконструировать, но наиболее правдоподобная версия связывает её с корнем «куж» — либо «плетёное изделие», либо «сила».