Фамилия Кужилев — довольно редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить случайные совпадения, её основа, скорее всего, связана с тюркскими языками, что типично для многих русских фамилий южных и восточных регионов.

Ключ к разгадке — корень «куж». В тюркских наречиях (особенно в башкирском, татарском, казахском) слово «куж» или «кужа» означает «хозяин», «владелец», «господин». Это слово могло закрепиться как прозвище: Кужилем называли человека зажиточного, самостоятельного, либо того, кто в чём-то был «хозяином положения». Реже, но тоже возможно, что корень восходит к «куж» — «сосед» (в некоторых диалектах), тогда прозвище было бытовым, по месту или характеру отношений.

Суффикс «-ев» указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный (Кужиль → Кужилев). Это значит, что в основе лежало не крестильное имя, а именно прозвище Кужиль. Сначала оно закрепилось за отцом, а потом передалось детям как фамилия: «чей сын? — Кужилев».

Можно предполагать, что предки носителей фамилии Кужилев жили в зоне активных русско-тюркских контактов — например, в Поволжье, Приуралье или на юге России. Вероятно, они были либо крещёными татарами или башкирами, либо русскими, получившими прозвище в смешанной среде. Сословно это могли быть крестьяне или служилые люди (казаки, стрельцы), так как прозвища часто давали по реальным бытовым или социальным признакам.

Спорных версий здесь немного. Иногда фамилию пытаются связать с украинским «кужіль» (кудель, пучок льна), но это маловероятно: суффикс «-ев» и отсутствие мягкого знака в конце (не «Кужильов») указывают скорее на русскую, а не украинскую адаптацию. Гораздо правдоподобнее тюркский след, который в данном случае объясняет и редкость фамилии, и её звучание.