Фамилия Кужилина — женская форма, а её мужской вариант — Кужилин. Это типичная «патронимическая» фамилия, образованная с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Кужилы». Вся суть фамилии — в основе «Кужила».

Корень здесь — диалектное или просторечное прозвище. Скорее всего, оно восходит к слову «куж» или «кужа», что в северных и сибирских говорах означало «корзина», «лукошко», «плетёная тара» (от финно-угорских языков, например, карельского «kuži» — короб). Соответственно, Кужилой могли прозвать мастера, который плёл корзины, или человека, торговавшего такой утварью. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «кужить» — в некоторых областях так говорили о том, кто гнёт, сутулит спину; тогда прозвище могло относиться к осанке.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и поволжских регионах России, особенно в Нижегородской и Кировской областях. Учитывая, что суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов с конечным -а/-я, а не от церковных имён, можно предположить, что родоначальник был человеком из крестьянской или ремесленной среды, без прямого отношения к духовенству или дворянству.

С точки зрения словообразования, фамилия Кужилин стоит в одном ряду с такими «ремесленными» фамилиями, как Корзинкин, Лукьянов или Плетнёв, но её отличает редкая основа. В словарях фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные прозвища на -ила фиксируются как типичные для древнерусской некалендарной антропонимии, но «Кужила» — вариант нечастый, что делает эту фамилию локально узнаваемой, но не массовой.