Фамилия Кужутов — один из тех случаев, когда корень слова почти не оставляет сомнений в происхождении, но заставляет задуматься о географии и этническом контексте. Основа «куж-» или «кужут-» отчетливо отсылает к тюркским языкам, где «куж» означает «ягненок, родившийся зимой» или, в более широком смысле, «молодой, поздний приплод». В казахском, киргизском и башкирском языках слово «көж» (или «күж») имеет именно такое значение — детеныш, появившийся на свет не в сезон, что часто считалось ценным, но требующим особого ухода. Таким образом, прозвище Кужут мог получить человек, родившийся в необычное время года, либо, что тоже вероятно, пастух или скотовод, специализировавшийся на выхаживании таких ягнят.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилий, характерную для XVI–XIX веков. Это значит, что носитель фамилии Кужутов — скорее всего, потомок человека, которого в русскоязычной среде записали по прозвищу отца или деда. Фамилия встречается преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — регионах, где веками соседствовали тюркские и славянские народы, и где русские крестьяне или казаки нередко получали прозвища от местных языков. Вполне возможно, что первый Кужутов был обрусевшим башкиром, татарином или казахом, перешедшим в православие, или же русским, получившим тюркское прозвище за особенности внешности или характера.

Менее вероятная, но все же обсуждаемая версия — связь с диалектным русским словом «кужут» (озорник, шалун). В некоторых говорах Поволжья так называли непоседливого ребенка. Однако тюркская этимология выглядит убедительнее: во-первых, корень «куж-» широко представлен в ономастике региона (сравните фамилии Кужев, Кужлев, Куженов), во-вторых, прозвища по животным и скотоводческим реалиям — один из самых распространенных типов в тюркской антропонимии.

Фамилия Кужутов не относится к числу частых, но и не является уникальной. Ее носители — это, скорее всего, потомки крестьян или казаков южноуральского пограничья. В дореволюционных метрических книгах Оренбургской губернии фамилия фиксируется с конца XVIII века, что подтверждает ее относительно позднее закрепление. Если искать однокоренные параллели, то стоит обратить внимание на фамилии Кужуков и Кужугет — последняя распространена у тувинцев, где «кужу» означает также «ягненок», но с другим суффиксом. Таким образом, Кужутов — яркий пример того, как тюркское слово, попав в русскую фамильную модель, сохранило память о степном хозяйстве и кочевом быте предков.