Фамилия Квилитаиа — редкий случай, когда внешний облик слова почти не оставляет сомнений в его происхождении. Перед нами грузинская фамилия, причём образованная по одной из самых архаичных и характерных моделей: с помощью суффикса -иа (-ia). В грузинской ономастике этот суффикс (наряду с -дзе, -швили, -ани и другими) указывает на принадлежность к роду или местности, но в отличие от массовых «-дзе» и «-швили», -иа чаще встречается в западной Грузии, в частности в Мегрелии и Гурии. Сама основа «Квилит» или «Квилита» — скорее всего, топонимическая или прозвищная.

Если разбирать корень, то напрашивается связь с грузинским словом «квила» (ქვილა) — «крик», «вопль», или с глаголом «квилит» (ქვილით) — «с криком». В таком случае прозвище Квилита мог получить человек крикливый, громогласный, возможно, зазывала или глашатай. Однако более вероятна версия, что фамилия происходит от названия местности. В Грузии есть несколько сёл и урочищ с корнем «Квил-», например, Квилашори или Квилишори. Житель такого места получал прозвание Квилита, а его потомки — фамилию Квилитаиа, то есть «принадлежащий Квилите» или «из рода Квилита».

Интересно, что написание фамилии — «Квилитаиа» с двумя «и» подряд — нехарактерно для русского восприятия, но для грузинского языка это естественно. В грузинском письме (мхедрули) эта фамилия выглядит как ქვილითია, и при транслитерации на русский язык последовательность гласных сохраняется. Это ещё один маркер того, что фамилия не «обрусела» и не прошла через адаптацию в русской среде, а бытует в исходной, грузинской форме.

Сословная принадлежность носителей такой фамилии могла быть разной: от крестьян до мелких дворян (азнауров), поскольку суффикс -иа не был жёстко привязан к знатности. Встречается она в основном в западных регионах Грузии, особенно в Мегрелии, и среди грузинской диаспоры. Носителей фамилии за пределами Грузии крайне мало, что делает её уникальной даже в масштабах Кавказа.